標準でパーマリンク設定のオプションカテゴリーベースを何も設定してないと通常/category/カテゴリースラッグでカテゴリーのURLになります。何で絶対/categoryがディレクトリ名で付くのかと思いましたが、WordPressには単ページ作成機能があるのでそことコンフリクトを起こさないようにするためですね。ついついページとカテゴリーで同じスラッグを付けてしまいそうですから。プラグインでこの第一階層スラッグを取り除くプラグインがありましたが、試したところ何かバグりますので使わない方が賢明です。
何度か書いてますがパーマリンク設定はカスタム構造で
/archives/%year%%monthnum%%day%%hour%%minute%%second%
にしています。しかしこれだと/archives/category/カテゴリースラッグになっていました。これはカスタム構造をいじってあるため/archivesが追加されたものと思われます。オプションのカテゴリーベースで/categoryと設定してあげると/archivesは消えて通常通りになります。カスタム構造で設定した場合はカテゴリーのURLをチェックしてみてください。