mt-config.cgi 最後の行に
PublishCharset Shift_JIS
を追加するこれだけ。
追記：
この一行の記述はMTをインストールする前に mt-config.cgi に設定します。
途中から一行追加してもエラーになってMT自体が動かなくなります。
（一度やっても mt-config.cgi から一行を削除すればOKです。）
データベースの詳しいことは解りませんが、MySQLでもSQLiteでも
一行追加することによって<$mt:PublishCharset$>は、MT4.2でも
Shift-JISになりました。
しかし！
UTF-8をどうしても途中からShift-JISに変えたいあなた！
プラグインもありました。
出力ファイルの文字コードを変換するプラグイン:TransEncoding
TransEncodingはコメントや検索結果に反映されないもののMT4.2でも
途中から全体の<$mt:PublishCharset$>をShift-JISにしてくれます。
すばらしい！！