WordPressはMovableTypeと構造の捉え方が違うので最初は戸惑います。単純な捉え方はWordPressが、データベースの情報 をテーマ（テンプレート）で整えピックアップして表示する。MovableTypeはデータベースの情報を参照してテンプレートのデザインで複数ページを 一斉に書き出す。という捉え方ではないでしょうか。
ホームページ制作の初期は紙媒体のように１ページづつ作ってアップロードしてました。それら単ページをリンクしてサイトを構築していたのです。ペー ジ数が多くなるにつれ一つリンクを直すと全ページ更新し直し、リンク切れや作業量の増大がネックでした。更新の簡素化、ページ量への対応とリンク・デザイ ンの一元化を実現してくれるのがMovableTypeです。なので、初期のころのサイト制作をもっと楽にしようという発想があり、1ページずつがサーバ に存在してそれがものすごい量だからブログエントリーだけで膨大なページのデータベース管理・更新をしたいというのが発端でしょう。
しかし、WordPressはそもそもサーバーにスタティックされた（書き出された）ファイルがあってそれを見るというHTML的な発想はありませ ん。PHPを使ってページにアクセスしたときに欲しいテータベースの情報をテーマを使って整えて見せてあげますよという発想です。私も最初は捉えずらかっ たのですが、昔のホームページ制作の概念だとサーバーに.htmlが存在してという考えを振り払えないとWordPressが理解できません。
MovableTypeはHTMLの発想でディレクトリ階層があり、index.htmlやindex.phpがディレクトリの先頭になり各ファイ ル 名がきて、そのフォルダを開くとファイル自体が存在するというのが通常の考え方です。WordPressはデータベースをテーマで中継するだけなので各 URLのフォルダもなければ、ファイルもありません。